تأسست هذه الهيئة لمتابعة تنفيذ الاتفاقيات مع الجانب الاسرائيلي وتحديدا الملحق المدني في هذه الاتفاقيات ، والتي يسعى من خلالها الجانب الفلسطيني التأكيد على سيادته الوطنية وحقه في تقرير مصيره لانشاء الدولة الفلسطينية المستقلة وعاصمتها القدس الشريف . تنحصر آلية عمل الهيئة العامة للشؤون المدنية كالتالي:

 1- الهيئة العامة للشؤون المدنية هي حلقة الوصل بين السلطة الوطنية الفلسطينية وكافة مؤسسات السلطة المدنية مع الطرف الاخر .

 2 – حل الاشكاليات المختلفة عبر السبل المتاحة من خلال ما تم نقله منذ تأسيس الهيئة من صلاحيات وسلطات مدنية من الجانب الاسرائيلي الى الجانب الفلسطيني .

 3 – الاشراف على ملف تسجيل السكان وهو من اهم ملفات العمل في الهيئة ويشمل دوائر متعددة في لم الشمل والتسجيل المتأخر ( لم الشمل الداخلي ) و منح التصاريح ( حالات انسانية , وفود رسمية ) والاقامة للمستثمرين .

 4- الاشراف على المعابر ونقاط العبور في معبر العودة ( رفح ) ومعبر الكرامة ( اللنبي ) ومعبري كارني وايريز ، حيث يتدخل موظفي الارتباط والتنسيق في الهيئة في حل الاشكاليات اليومية التي تواجه المواطن الفلسطيني لتسهيل وتخفيف الاعباء عليهم .

 5- الاشراف على دخول البضائع القادمة الى المناطق الفلسطينية مثل ( الادوية واجهزة ومعدات ) والمنح المختلفة المقدمة للسلطة الوطنية الفلسطينية